Nur mal so zum merken und wiederfinden:
Zuerst den Server (Tomcat, Jboss, was-weiß-ich) mit:
-Xdebug -Xrunjdwp:server=y,transport=dt_socket,address=33333,suspend=n
starten und anschließend in Eclipse unter “Open Debug Dialoge…” eine neue “Remote Java Application” mit dem entsprechenden Host und Port (hier: 33333) anlegen. Danach kann man sich einfach zu dem Server verbinden. Jetzt einfach Breakpoints wie gewohnt setzten und drauf los debuggen. 
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